Michael Clayton (George Clooney), New York’un en büyük şirket hukuku firmalarından birinde "sorun çözücü" olarak çalışmaktadır. Eskiden savcı olan ve polis bir aileden gelen Clayton, firmanın kurucu ortaklarından Marty Bach'ın (Sydney Pollack) emrinde, Kenner, Bach & Ledeen firmasının en kirli işlerini halletmektedir. Clayton müşterilerin pisliklerini temizler, arabayla vurup kaçma olaylarını örtbas eder, basında çıkan kötü haberleri düzeltir, müşterilerin mağazada hırsızlık yapan eşlerinin ya da kirli politikacıların olaylarının gizli kalmasını sağlar. Clayton işinden çok bunalmış ve hoşnutsuz olmasına karşın, Kenner, Bach & Ledeen firmasına sıkı sıkıya bağlıdır çünkü bir boşanma, kumar alışkanlığı ve başarısız bir iş kurma girişimi onu dağ gibi bir borçla baş başa bırakmıştır.

Tarım kimyasalları şirketi U/North'ta, baş danışman Karen Crowder'ın (Tilda Swinton) kariyeri, Clayton'ın firmasının kazanmaya doğru gidiyor gibi gözüktüğü davanın seyrine bağlıdır. Kenner, Bach & Ledeen firmasının en başarılı vekili ve çok zeki bir adam olan Arthur Edens (Tom Wilkinson) görünüşe göre buhran geçirip, bunun sonucu olarak da tüm U/North davasını sabote etmeye kalkınca, bu öngörülemeyen felaketi düzeltmesi için Michael Clayton gönderilir. Michael Clayton bu süreçte nasıl bir adama dönüştüğü gerçeğiyle yüzleşmek zorunda kalır.